Alex... poco fa ho trovato questa nota di Apple:

http://support.apple.com/kb/TS1448

...sembra proprio essere simile al caso mio!
Un bug di Leopard 10.5.7/8 ?
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>AGGIORNAMENTO<

Su un altro forum, l'utente FlashCream spiega quanto riporto qui:

"Brevemente e senza fare un trattato si vedono due tipi di messaggi in quel log:

1) il documento SUID è stato modificato. il documento SUID non verrà riparato.

SUID significa "set user ID". se un file è SUID verrà eseguito con i permessi del proprietario e non con quelli di colui che esegue il file. questo, anche se non sembra, in pratica non è pericoloso. questo è richiesto e previsto.

il documento apple: http://support.apple.com/kb/TS1448

2) i permessi sono diversi... xxxxx, dovrebbero essere -rw-rw-r-- , sono lrw-rw-r--

utility disco ripara i permessi in base alle istruzioni contenute nei files receipts (vedili in libreria/receipts, files che NON vanno mai cestinati). spesso accade che il programmatore per dimenticanza o per errore non li abbia correttamente definiti. utility disco da quindi risposte "errate". in questo caso i files in oggetto sono tutti collegamenti al vero file. (file che invece ha i permessi giusti).

-rw-rw-r-- tradotto vuol dire: l'utente legge (r) e scrive (w), il gruppo legge e scrive, altri leggono (r). lrw-rw-r-- è lo stesso ma l davanti significa Symbolic link.

considerazione finale: secondo me apple tra un pò tira via la possibilità di riparare i permessi e la implementa in altro modo. (come ha implementato il prebinding e la deframmentazione). hanno un sistema con 300.000 files..... gli "scappano" i permessi di 40 files e si trovano subissati da richieste di delucidazioni o aiuto."

Fonte:
Tuttologia, utente FlashCream

Credo con questo di poter dunque stare tranquillo, e di tranquillizzare altri utenti
che potrebbero riscontrare questo problema. Che sembrano esser tanti a giudicare dai risultati di Google.
Grazie lo stesso Alex!
Marco