e' chiaro che ripulendo il registro hai cancellato qualcosa, prova subito con un ripristino di configurazione in data anteriore all'uso di Wise cleaner, dovresti venirne a capo.
Un'altra cosa, non conosco questo programma, ti da' la possibilita' di fare un backup prima di eliminare i files selezionati? se si non dovresti avere problemi a ripristinare il tutto.