Speriamo che qualcun altro riesca a capire...
Iniziamo dal fatto che "la finestra" di Flash si chiama stage. È, appunto, quella prte a cui puoi dare dimensioni e colori diversi. Comunque sia, il filmato, anche se non si trova incorporato in una pagina html, lancia comunque l'apertura del browser.
Ora, continuo a non capire cosa c'entra il desktop del sistema?
Voglio dire che se chiudi il filmato elimini qualunque evento tu abbia programmato nel filmato stesso.
Al massimo potresti creare un evento (sempre all'interno del filmato) che al click vada ad aprirti una cartella di sistema oppure la radice di un HDD.

Dovresti argomentare in un modo tipo questo:

- ho il filmato nel browser
- nel filmato c'è un pulsante che... (spiegare, per filo e per segno, cosa dovrebbe fare il pulsante)
- oppure spiegare un altro metodo che faccia... (spiegare cosa dovrebbe succedere sul desktop di sistema, partendo da un evento che si trova nel filmato).

Se ho capito bene, cioè che vorresti aprire una cartella di sistema, all'ora ci sono tre problemi:
1 - la cosa funziona in locale, non in Internet.
2 - qualora tu riuscissi a farla funzionare anche in Internet, allora te lo sconsiglio perché l'utente interpreterebbe il tutto come una sorta di virus che invade il sistema e le sue funzioni.
3 - l'eventuale cartella che dovresti aprire si limita a quelle cartelle "note" ma che sono tali soltanto in alcuni sistemi operativi. Il desktop è una di quelle irraggiungibili poiché il percorso passa attraverso il nome del computer (non so se mi spiego).