In Photoshop c'è un comodo wizard per l'esportazione di immagini trasparenti, si trova nel menu "help" e si chiama "Export Transparent Images".

Per l'impaginazione tipografica uso PageMaker 6.5 e con questo programma la trasparenza funziona benissimo ma, credo che Quark X-Press possa agevolmente fare altrettanto anche se purtroppo, non posso aiutarti perché non lo conosco affatto.