Non è un problema di Visual Basic.
Con Windows Vista non è più consentito tenere i file di dati (per esempio i database MDB) nella cartella dei programmi (App.Path). Vista "si difende" da tentativi di questo genere dirottando le scritture su una cartella di nome VirtualStore.
E' meglio utilizzare, per i dati, una sottocartella di Users\<nome utente>\AppData\Local.