io mi trovo molto bene con Eclipse PDT e, inserendo spesso gli script in file js esterni, non mi crea troppo fastidio il problema che citi.
Non ho mai usato NetBeans quindi non so fare un confronto..

Per quanto riguarda xDebug, non avevo problemi su XP ma da quando sono passato a Vista continuo a riscontrare crash.. probabilmente la dll ha qualche problema..

Ora proverò a installare tutto l'ambiente Zend sperando che finalmente funzioni..