Cancella il campo id che volevi rendere chiave primaria e poi esegui la query indicata nel link precedente per aggiungere il campo.

codice:
alter table tab1 add column id bigint not null auto_increment first, add primary key (id)
ovviamente al posto di tab1 metti il nome della tua tabella e nel caso non ti serva un campo di tipo bigint metti int. Vedi un pò tu.