A livello di codice dipende. session_start() sta sempre in testa a tutto.
Se ti sposti di cartelle e quindi non passi per esempio sempre da index.php magari non hai piu session_start(). Controlla che ci sia questo eventualemente.
Se fosse cosi' per risolovere bastarebbe includere ad esempio un file a monte di tutto (tipo un file di configurazione generale) con session_start()