volendo potresti usare natsort, ma se la data di modifica non rispecchia l'ordinamento dato da quel valore progressivo non risolvi nulla

in questo caso dovresti usare usort e scriverti una semplice funzione di ordinamento che utilizzi filemtime per leggere la data di modifica dei file (lo unix timestamp) confrontandola

http://www.php.net/filemtime
http://www.php.net/usort