Dipende tutto dal sistema operativo usato per le pagine web: con linux, in generali, ci sono vari software, ma puoi fare pure tu tramite socket: basta connettersi al demone e inviargli la path sul disco ove risiede il file da scansionare (rendi molto più veloce l'esecuzione perché non è necessario avviare inutilmente ogni volta il client che fa la stessa cosa)

In generale puoi usare clamav su linux, o anche avast e simili, però con clamav il sistema che ti ho descritto su funziona tranquillamente. Ovviamente se prevedi di acquistare un antivirus commerciale (cosa che comunque ti consiglio) conviene fare uso di un AV che supporti questa funzionalità altrimenti ti toccherà poggiare sul client

per intenderci, se sul dedicato avvii clamd (il demone di clamav) poi puoi usare clamc (mi pare si chiami cosi) passandogli la path del file da scansionare e leggere l'output per il risultato o più comodamente connetterti alla socket unix e fare la stessa operazione!