L'unico modo che usa Windows per abbinare un certo tipo di file ad un' applicazione é l'estensione, quindi come primo passo devi salvare i file con un'estensione di tua scelta.

Poi una volta che hai l'exe del tuo programma, vai nella proprietà di un file con l'estensione che hai scelto, e gli imposti come programma predefinito il tuo eseguibile.