Di solito faccio così:

1. Apro l'immagine che ovviamente si presenta con un singolo layer chiamato "Backgraund".

2. Trasformo l'immagine in RGB.
3. Duplico il layer backcround e cestino quello originale
4. Creo un nuovo layer con sfondo trasparente e lo piazzo sotto quello con l'immagine.
5. Cancello le parti che voglio siano trasparenti.
6. Converto l'immagine in "indexed color" (scala di colori), selezionando l'opzione trasparenza.