Collegalo ed usalo.

Per quanto riguarda la presa diretta, presumo tu intenda alla presa a muro oppure ad una ciabatta che scolleghi quando non usi il pc.
Un ups deve sempre poter garantire il massimo stato di carica, quindi preferisco tenerlo sempre collegato alla rete elettrica anche quando non uso il pc.
Inoltre dovresti ogni volta che spegni la ciabatta spegnere anche l'ups (ammesso che abbia un pulsante di spegnimento) altrimenti continuerà a suonare per mancanza di alimentazione elettrica.
E comunque si, si carica anche mentre è in utilizzo ma ci vuole più tempo.