Beh, si, è possibile attingere dati e visualizzarli direttamente sul sito, ma il connettore ODBC è abbastanza lento se poi a questo aggiungi che dovresti usare una VPN tra il dedicato/virtuale dell'ecommerce e il server as400 direi che la cosa diventerebbe ESTREMAMENTE lenta.

Il mio consiglio è quello di farti uno script che si occupi di "ricopiare" le informazioni dall'as400 a mysql, magari 2/3 volte al giorno, vedi tu (se lo script è scritto bene e sfrutta le funzionalità di mysql le performance sono MOLTO elevate) cosi da poter attingere.

Quasi sicuramente, ad ogni aggiornamento, ti toccherà svuotare le tabelle di destinazione per ri-riempirle quindi poi i dati aggiuntivi (che so foto, descrizioni e via dicendo) li devi mettere in una tabella a parte legata alla principale tramite un codice identificativo