nessuno ti vieta di farlo ma ci possono essere buoni motivi per non farlo
prima di tutto tutto quello che javascript scrive per i motori di ricerca non esiste
poi ovviamente i dispositivi su cui testi hanno tutti javascript abilitato ed un interprete javascript in grado di gestire ottimamente il tuo codice, ma questo non andrebbe dato per scontato, anche in prospettiva futura, dove i dispositivi si moltiplicano e possono supportare solo parzialmente javascript
infine i tempi di reazione potrebbero interessarti: servire xhtml sara' sempre piu' veloce che farlo generare da javascript

certamente ci saranno situazioni particolari in cui questi aspetti diventano irrilevanti,
ma personalmente preferisco seguire per quanto possibile la filosofia del progressive enhancement: 3 "livelli", contenuto (xhtml) aspetto (css) funzionamento avanzato (javascript), dove il primo certamente non puo' dipendere completamente dal terzo

ciao