allora dovresti inviare i dati via GET o via POST con un form per es.:

Codice PHP:
<script type="text/javascript"
    function 
sendform()
    {
        
document.form.myfield.value "varJava";
        
document.form.method=post;
        
document.form.submit();
    }
</script>
...
...
<form action="script.php" name="myform" onsubmit="sendform();">
    <input type="hidden name="myfiled">
</form> 
in questo modo poi puoi richiamare la var "varJava" tramite PHP:
Codice PHP:
$varJava $_POST['myfield'