ODBC non fa nessun accesso diretto, utilizza il connettore della IBM per odbc ma è lento (certo, in locale non te ne accorgi ma su internet, soprattutto tramite una vpn, decisamente si)

Si, ovviamente quelle operazioni devono essere svolte sulla macchina che effettuerà l'accesso ai dati presenti su db2, indipendentemente che si tratti del server del sito o di una macchina che si limiterà a copiare il software.

L'installare o meno php dipende da te