beh, i software come php, apache e simili si, il software che ti "clona" i dati di potrebbe usare un mix di software per leggere i dati e poi scrivere un programmino che li reinserisca su mysql ma sarebbe troppo casinistica la cosa

devi semplicemente scrivere un software che si connetta al database dell'as400, legga i dati tramite una normale select, effettui un truncate delle tabelle di destinazione ed infine reinserisca i dati appena letti sul database mysql remoto (ovviamente la soluzione non è quella di fare un insert per volta ma di raggruppare 500/1000 insert per tabella e lanciarli in un colpo o si fa notte [su 2 milioni e mezzo di record si passa da oltre le due ore e mezza a meno di 15 minuti, anche se in realtà avevo adottato anche altre ottimizzazioni e la sorgente era informix e mysql era in locale, ma comunque la differenza nei tempi di esecuzione è abnorme])