Il problema secondo me e' che non hai ben chiaro a che tempo e dove vengono eseguiti il codice js e il codice php.

Javascript viene eseguito lato client mentr php lato server ......

quindi il percorso e' :

1 (C) richiesta dal browser
2 (S) interpretazione della richiesta esecuzione del codice php
3 (S) creazione della pagina e invio della pagina al client
4 (C) ricezione della pagina, interpretazione del codice html,css e js
5 (C) avvio di eventuali javascript

dove con (S) indico cosa succede nel server e con (C) nel client.

Ovviamente se vuoi inserire valori da php in un js questi verranno caricati lato server e' la stessa cosa come se tu li scrivessi a mano nel file. Ovviamente se tali parametri cambiano in base alle var di php avrai valori diversi ma non potrai mai manipolare in questo modo lo stato di una varabile js a tempo di esecuzione del javascript.
Puoi solo settare il valore di partenza.

Se vuoi farlo dinamicamente devi usare ajax.