IO ti consiglio di fare cosi '

Usa la funzione file() per leggere il contenuto del file.

Avrai gia' l'array co tutte le righe.

Poi esegui la tua procedura di controllo e la cella da eliminare la setti a stringa vuota.

esegui una
$str = implode("\r\n" , $fileRows) ;

ora sovrascrivi il file con una fwrite() la stringa ottenuta con implode

Et voila'.