Beh si e no.
I cookies sono modificabili dall'utente, e cio' non e' bene.

Inoltre dipende da cosa devi fare.
Per un carrello elettronico dico si.
Se devo modificare il valore a runtime allora no.

Ma dipende da dany, da quello che ho capito o setta il contenuto della var js da php con una print oppure deve usare ajax.