se il popup è un div con z-index, non c'è problema, anche se il form lo hai aperto altrove, basta che il tag di chiusura del form venga dopo gli input presenti nel tuo div.
altrimenti crei i campi input nel form principale, li metti come hidden e poi con javascript vai ad assegnare i valori immessi nel div a tooltip al form principale (meglio optare per la prima opzione cmq è + semplice)
quindi
codice:
<form name="nomeform" action="">
.....

  <div id="layer_tooltip">
      <input .....>
      <select ....></select>
   </div>

.....
</form>
se invece il popup è una nuova istanza window, puoi usare la proprietà window.opener x rintracciare la finestra che ha generato il popup, dopodichè la scorri con il consueto dom
codice:
window.opener.forms[nomedelform]
è il form della finestra principale