Dipende dal sistema operativo e dall'eventuale emulatore di terminale utilizzato.
Su Linux, ad esempio, puoi usare
codice:
printf("\x1B[2J\x1B[1;1H");
, mentre per Windows trovi qui il codice dettagliato.
In generale se vuoi la portabilità del sorgente puoi scriverti una generica funzione ClearScreen che, con appositi #ifdef, contenga un blocco di codice o l'altro a seconda del sistema su cui viene compilata.