Con tutte quelle esplosioni non sono sicuro di aver capito bene il formato, questo va bene?

codice:
<?php

$tutto = "<?php include('404.html'); /* [utente] my_username /-%EOF%-/ my_crypt_pass [utente] my_username_2 /-%EOF%-/ my_crypt_pass_2 [utente] my_username_3 /-%EOF%-/ my_crypt_pass_3 [utente]  */?>"; 

preg_match_all('#\[utente\] (\S+) /-%EOF%-/ (\S+)#', $tutto, $match);

print_r($match);