Ciao,
guarda sicuramente la variabile $user è veramente vuota.
Io ho provato con questo codice e funziona:
Codice PHP:
<?php
$user = "ciccio";
session_start();
$_SESSION['user'] =$user;
if(empty($_SESSION['user'])) {
header("Location: destinazione.php");
}
else
echo $_SESSION['user'];
?>