In teoria non ci dovrebbe essere differenza, però poi in pratica ci sono spesso problemi come quello di azocomposto.

E poi se tu separi codice HTML da quello PHP, non solo rende il codice più bello ma lo puoi anche modificare con un WYSIWYG editor etc.
In genere il solo codice PHP che stampi variabili oppure esegua dei loop dovrebbe stare dentro il HTML, tutto il resto ci sarebbe da mettere fuori di esso.