L'altezza dell'swf non conta se lo pubblichi in percentuale, andrai a modificare il div che lo contiene all'interno della pagina html. Puoi dare un'occhiata al codice del mio sito per vedere come ho fatto io. Anche se nel mio caso ho il sito al 100% del browser e se si scende sotto una certa misura compaiono le barre di scorrimento. Concettualmente è lo stesso lavoro anche per il tuo caso.