Stai utilizzando qualche IDE (tipo Eclipse, Netbeans)?
In tutti i casi, dentro la root del file Jar, dovresti avere la cartella META-INF ed, al suo interno, il file MANIFEST.MF. Dentro il manifest puoi specificare quale classe contiene il main che lancia l'applicazione, come segue:
Main-Class: iltuopackage.IlNomeDellaClasseCheContienIlMain
e poi, con un doppio click sul jar, dovresti poter lanciare il jar.
