Per fare in modo che non venga utilizzata la notazione scentifica ma la notazione Decimale (per esempio) puoi fare in questo modo: ti riscrivo il codice con la modifica

codice:
                        FileStream stream = new FileStream("matrice.txt",FileMode.Create);
			StreamWriter writer = new StreamWriter(stream);
			
			int i,j;
			for(i=0;i<=200;i++)
			{
				writer.WriteLine();
				for(j=0;j<=200;j++)
				{
					writer.Write("{0: D4}"+"\t",A[i,j]);
				}
			}
			
			writer.Close();
			stream.Close();
le parentesi graffe hanno questo utilizzo: il primo numero dopo la parentesi graffa aperta è l'indice del valore che andrà a prendere dai parametri extra che gli hai passato, in questo caso:
0 corrispende a A[i,j].
i ": D4" vuol dire che si vuole scrivere il numero di indice 0 in notazione decimale, con 4 cifre
spero possa esserti di aiuto

N.B fra i ":" e "D4" non c'è nessuno spazio...ho dovuto mettercelo sennò veniva fuori sta faccina--->