bhe se hai un file excel potresti crearti un qualcosa che trasformi il file excel in un csv, lo scompatti in array in maniera da avere ogni righa in array e poi inserisci i valori che vuoi nella tabella opportuna...
una volta creato lo script ti basterà inserire il file all'interno della tua applicazione e avrai n tabelle organizzate meglio!
almeno non dovrai fare n query per ricavarti i dati!