HO RISOLTO!
Non sarà la soluzione migliore, ma ho fatto questo:

codice:
$(document).ready(function() {
    if (location.hostname.indexOf("www.") != 0) location.hostname = "www." + location.hostname;
    $("a[href^='http://']").not("[href^=http://" + location.hostname + "/]").click(function() {
        alert('Esterno');
        return false;
    })
});
In pratica ho aggiunto la riga
codice:
if (location.hostname.indexOf("www.") != 0) location.hostname = "www." + location.hostname;
che non fa altro che aggiungere il "www" mancante in caso di omissione.

Come ti sembra?