con i giusti indici mysql per esempio gestisce decentemente anche milioni di righe in una tabella...
quello che ammazza un db sono le query pesanti ( vuoi perchè non ci sono gli indici, vuoi perchè deve fare magari un join su due tabelle grosse... eccetera... )

se parliamo poi di drupal in particolare, che implementa diversi sitemi di cache proprio per evitare "troppe query", il discorso per certi versi è più ampio... comunque non è quella "centralizzazione" che può preoccupare... o meglio magari te ne preoccupi dopo altre 2500 cose più importanti

per esempio ho letto di recente questo http://www.hostingtalk.it/forum/gest...zzaserver.html