RISOLTO!!!
Il problema è che iis 6 non ne vuole sapere di trovare il php.ini dove voglio io, ma lo vuole solo in C:\WINDOWS nonostante sia intervenuto anche nel registro di sistema creando una key PHP con stringa IniFilePath settata a C:\php\php.ini

Quindi ho messo il php.ini in windows e aggiunto la variabile d'ambiente PHPRC = C:\WINDOWS

Ora phpinfo() vede il file php.ini e lo carica correttamente.

Ciao