Supponiamo che in sessione tu abbia messo la variabile $_SESSION['variabile'], pescata dal db a seguito del login.

L'utente modifica questo valore e tu lo devi aggiornare sia ne db che in sessione giusto?
Bene:
- l'utente, penso da un form, sceglierà il nuovo valore e farà il submit
- lo script riceve il nuovo valore, diciamo $_POST['nuovo_valore']
- lo script esegue la query per l'update della tabella
- se l'update ha successo fai eseguire allo script l'istruzione $_SESSION['variabile'] = $_POST[nuovo_valore'];

ora sia nel db che in sessione c'è il nuovo valore scelto dall'utente.