Strumenti->Opzioni->Contenuti->Abilita la casella "Blocca le finestre pop-up"->OK. Strano però che sia disattivato, dovrebbe essere abilitato di default.

Anche fare un Firefox con menù uguale per tutte le piattaforme sarebbe intelligente.
Questione di convenzioni... su Linux di solito le opzioni si chiamano preferenze e stanno sotto Modifica (il concetto è che lì si vanno a modificare le preferenze), mentre su Windows la finestra di modifica delle preferenze viene considerata uno strumento (Strumenti->Opzioni).
È analoga alla faccenda del differente funzionamento dei dialog, che sotto Linux di solito non richiedono la pressione di Applica o OK, ma ogni opzione cambiata è applicata immediatamente (e infatti c'è solo il pulsante Chiudi o, in alcuni casi, Ripristina), mentre sotto Windows i dialog richiedono sempre conferma mediante la pressione di OK o Applica.
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Ma quel popup che dici non è una finestra popup nel senso comune del termine (e il blocco popup è già attivo, come si vede dalla barra in alto). Sembra piuttosto originata da una qualche estensione che hai installato.