Non ho idea di come funzioni quello script e non capisco quali valori debbano essere formattati.
Ad ogni modo io farei una funzioncina dello script che ti ho suggerito, in modo che possa essere richiamata da qualsiasi punto e, passando un dato valore, questo sia restituito formattato.

Una roba del genere:
codice:
function formatta(val) {
	return int(val)+','+Math.round(val*100).toString().substr(-2);
}
var input = 123.456+78.9;
trace("costo totale: "+formatta(input)); // output: "costo totale: costo totale: 202,36"

Vedi tu dove va inserita.