Spero, con questo esempio allegato, di chiarirti le idee.
Hai un progetto (nel mio caso composto da una libreria Its.Prefincati ed il progetto reale Ricette), poi sempre nella stessa soluzione ho creato un progetto di tipo Setup, nota cosa ho allegato nella configurazione: l'output primario della soluzione Ricette, in automatico visual studio, genera in fase di installazione dell'applicazione il collegamento all'exe generato dall'output.