Prendendo spunto da quanto detto da linea, invece di powerpoint io userei Keynote (il corrispettivo per mac)
Ho creato delle animazioni, e una volta esportate per QuickTime i comandi "click del mouse" per le transizioni erano perfettamente rispettati.
Però non so (dovrei provare) se tali click vengono percepiti anche al player per windows.
Solitamente i player su mac hanno la Pausa sensibile al click sulla barra spaziatrice, ma winzozz adesso non so.
SE fosse, potresti creare un filmato su windows e proiettarlo con windows media player.