Anche io ho lo stesso problema, JasperViewer funziona solo in locale.
Co IE se non sbaglio basta mettere tra i tag <embeded> il file .pdf e lo apre con mozilla non so.

In più io ho il problema che mi crea il file pdf solo dopo che aggiorno il progetto.
Mi spiego meglio: nella mia applicazione java creo con jasper report un file pdf, e fino a qui nessun problema.
Il problema è che una volta eseguita l'applicazione finche non aggiorno manualmente il progetto( il classico F5 per intenderci) non mi crea il file..............pls aiutatemi