Premetto che non ho W7 e che non intendo muovermi da XP.
Tuttavia, seguendo la logica più pura:
1) Quella utility sembra fatta apposta per il trasferimento dati, e quindi la risposta è sì, puoi trasferire tutto ciò che è previsto da quel programma. Non occorre installarlo anche sul PC vecchio perché quello nuovo fa solo una copia andando a cercare ciò che il programma prevede.
Il cavo fa solo da collegamento tra un disco e l'altro, nel senso che dall'interfaccia di W7 vedrai il vecchio disco come se tu lo avessi su quello nuovo (è un collegamento in rete). L'USB è lentissimo.

2) Hai già detto che la utility trasferisce anche la posta, quindi otterrai il trasferimento nella sede giusta (non so quale sia, ma può importartene meno che niente perché dopo, in W7, credo ci sia la possibilità di cambiare la destinazione in cui la posta verrà archiviata).

3) i programmi puoi scordarteli: vanno reinstallati perché le specifiche di un nuovo Sistema operativo vanno a depositarsi nel BIOS, quindi otterresti un conflitto per "tentata sovrascrizione" dello stesso BIOS. Il fatto che W7 lavori a 64 bit non significa che non possa gestire i programmi a 32; sarebbe impossibile solo il contrario.

4. Dal momento che, tramite il cavo USB, i due PC sono in rete, puoi normalmente copiare ogni tipo di file, esclusi quelli di sistema (di cui, tra l'altro, non te ne faresti niente). Tuttavia, finché non reinstallerai tutti i programmi che gestiscono quei file, vedrai soltanto icone "orfane".