Se ti spieghi meglio, possiamo aiutarti.
Fammi capire, quando un utente accede alla tua pagina web, carica un'animazione flash che deve variare a seconda dell'ora, giusto?
Se ho capito bene allora, devi semplicemente calcolarti l'ora attuale in javascript e, a seconda dell'ora gli dici che animazione caricare.
Ad esempio:

if(ora > 10)
caricaAnimazione(1);
else
caricaAnimazione(2)

Per documentarti meglio vedi questo link.
Ciao