Codice PHP:
function __autoload($class_name) {
            
$try1 'cartella1/' strtolower($class_name) . ".php";
                
$try2 'cartella2/'strtolower($class_name) . ".php";
                if (
file_exists($try1)) {
                    include 
$try1;
                } else {
                    include 
$try2;
                }
    } 
Questo funziona a patto che tu abbia i nomi delle classi uguali a quelli dei file, e che non ci siano classi con lo stesso nome nelle due cartelle, altrimenti verrebbe caricata sempre quella in cartella1.
La funzione la devi mettere in un file che già includi in tutti gli script, ovviamente.