Finalmente ho capito. La cosa più semplice e logica era anche quella giusta.
Il problema è l'antivirus Kaspersky per Workstation.
Era la prima cosa che avevo verificato, disabilitandolo dal server Administration Kit. Il problema persisteva per cui ero passato avanti dando per chiarito che non fosse lui il problema.
Quello che mi ha confuso è il fatto che anche con Kaspersky attivo le prime aperture erano normali, mentre dopo la 2/3^ il problema si ripresenta.
Evidentemente invece pur completamente disabilitato qualche servizio resta attivo, infatti disinstallandolo completamente il problema si risolve (oltre ad avere il pc decisamente più reattivo in tutte le operazioni) ed in particolare i files incriminati si apri in 2/3 secondi anzichè 50...
Ora faccio un po' test reinstallando l'antivirus e abilitando uno alla volta i thread per vedere quale dà queste noie.
Ovviamente ulteriori suggerimenti sono ben accetti.