Ciao.
Ti consiglio di utilizzare OpenOffice e JODConverter
Guarda qui
In questa guida viene spiegato come avviare OpenOffice come servizio ed utilizzare un jar per la conversione.
Nella pagina php, per eseguire questo jar, dovrai scrivere una cosa del genere:
Codice PHP:
$comando_doc2pdf = "java -jar ../lib/jodconverter-2.2.2/lib/jodconverter-cli-2.2.2.jar ".$directory.$nome_file_doc." ".$directory.$nome_file_pdf;
exec($comando_doc2pdf); 
oppure puoi utilizzare abiword ma la conversione spesso non funziona bene
Codice PHP:
$comando_doc2pdf = "abiword --to=PDF ./tmp/".$nome_file_doc;
exec($comando_doc2pdf); 
Ho testato entrambe le soluzioni su Ubuntu, Centos e Red Hat e funzionano, non l'ho provato su Windows.