Potresti costruirti con php la parte head della pagina html. Includi questa in ogni pagina.
Questo velocemente, sicuramente ci sono altre soluzioni

<?php

echo '<head>' ;

echo ' <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1"> ' ;

echo ' <title>tuo titolo</title> ' ;

echo ' <link href="../include/master.css" rel="stylesheet" type="text/css"> ' ;

if(inserisci condizione){

echo ' <link href="../include/altro.css" rel="stylesheet" type="text/css"> ' ;

}

?>
echo "</head" ;

echo "<body>" ;

qui tutto quello che riguarda html e poi alla fine un include coda per chiudere html e body