Creati una tabella periodi in cui riporti tutti i mesi, con un campo id contatore e un campo periodo

200901,200902 fino a 200912

poi fai la query

codice:
select p.periodo,count(t.id) as quanti
from periodi as p
left join ( 
select id,date_format(`timestamp`,"%Y%m") as mese from table
where date(`timestamp`) between '2009-06-01' and '2009-11-20') as t
on p.periodo = t.mese 
group by p.periodo
having p.periodo between 200906 and 200911
order by p.periodo asc