Ma adesso il problema è risolto o le pagine sono ancora visibili solo con indirizzo IP?
La maggior parte delle pagine sono visibili nelle serp con l'URL corretta http://www.miosito.com ma come ho spiegato, molte pagine sono visibili anche con l'indirizzo IP (doppioni!). Il problema è che queste stanno aumentando rapidamente!

Probabilmente succede perché hai link relativi (es. <a href="/sezione"> ). Consiglio di cambiare i path dei link in assoluti (es. <a href="http://www.example.com/sezione"> )
Si tratta di migliaia di pagine, non posso intervenire in questo modo. Una sezione del sito è gestita da Joomla e anche se vado ad inserire negli articoli i link con l'indirizzo assoluto questo viene tramutato automaticamente in relativo. Pertanto questa non può essere la soluzione.

Ci sarà un modo per dire a Google che gli indirizzi di questo tipo
http://209.85.129.132/dir1/dir2/pagina_test.php
devono essere considerati così
http://www.miodominio.com/dir1/dir2/pagina_test.php