La domanda di Petro_suse91 non era se le pagine compaiono nelle serp, bensì se richiedendo la pagine del tuo sito con l'ip invece che col dominio queste vengano ancora servite dal server oppure no.
Confermo che il server attualmente non trascrive una richiesta fatta con indirizzo IP, cioè se accedo con un URL del tipo
http://209.85.129.132/dir1/dir2/pagina_test.php
questo viene visualizzato dal browser come tale (cioè con l'indirizzo IP!) e ovviamente tutti i link presenti nella pagina fanno riferimento all'indirizzo IP medesimo. Quindi da quì la necessità di intervenire quanto prima, diversamente questi aumenteranno considerevolmente.

Il problema è essenzialmente di natura tecnica, e lo puoi risolvere o via programmazione (se il tuo sito è dinamico) o via configurazione del server (file htaccess se si tratta di Apache, quindi tipicamente Linux).
Il sito è dinamnico, server Apache, PHP e MySQL.

Dovresti affidare la soluzione del problema a chi gestisce la parte tecnica del sito, sostanzialmente chiedendo che se una pagina è richiesta con l'ip invece del dominio non venga resa con status 200 ma renda un 301 sull'omologa col dominio o un 404.
Certo, ma non hanno soluzioni certe ... sapresti dirmi tecnicamente come si dovrebbe impostare il file htaccess per un buon risultato, senza incorrere in penalizzazioni da parte di Google?

Forse è meglio postare questa richiesta in altre sezioni del forum?

Grazie per la disponibilità.