Infatti ... il numero di righe sembra un po' elevato

Attenzione alla impostazione max_allowed_packet nel php.ini

Magari se disponibile lanci con
Codice PHP:
passthru("sed -e '/genus:/d' /PATH/input.txt > /PATH/output.txt"); 
in questo modo il file output.txt conterrà solo i record con species.
Dopodiche segui le indicazioni di maurizio