quello che hai detto e' giusto, l' unica eccezione che conosco e' questa:
http://code.google.com/p/assql/
si connette direttamente a mysql senza passare da php
gli esempi che ci sono sono solo per localhost e quindi non so se funziona anche in remoto
PHP e MYSQL sono sullo stesso server, FLASH e MYSQL no.
se le applicazioni desktop devono leggere da mysql in locale potrebbe andare bene

ti consiglio di provare o di chiedere in giro